Em 1750, influenciado pelo marechal de Saxe, que contou com o apoio de Madame Pompadour, amante e conselheira do rei, Luís XV decidiu criar a École Militaire para oferecer formação a quinhentos jovens nobres sem recursos.
Para deixar um testemunho da grandeza de seu reinado, o rei instruiu seu primeiro arquiteto, Ange-Jacques Gabriel, a projetar um edifício ainda maior e mais imponente que o Hôtel des Invalides, construído por seu bisavô Luís XIV. Gabriel apresentou seu Grand Projet em 24 de junho de 1751. O edifício proposto era enorme, as fachadas lindas e a cúpola quadrangular que coroava o conjunto era espetacular. A construção teve início em setembro de 1751, sobre as terras de uma antiga fazenda.
Ange-Jacques Gabriel imaginou um palácio com cinco pavilhões fechando a perspectiva do Champ-de-Mars, edifícios de três andares com vários pátios e, no meio da composição, uma enorme igreja, muito maior que a dos Invalides. No entanto, a falta de recursos atrasou a obra e a escola foi parcialmente aberta em 1756 transformando as partes já construídas em dormitórios e salas de aula para atender a duzentos cadetes.
Durante a Guerra dos Sete Anos (1756-1763) a situação financeira piorou e Grabriel teve que simplificar seu projeto, mas conseguiu manter alguns aspectos importantes, como a magnífica fachada que se pode admirar desde o Campo de Marte. A grande igreja inicialmente projetada foi reduzida a modesta capela e, no dia 5 de julho de 1768, o rei lançou a pedra fundamental dessa obra, concluída em 1780. O rei morreu em 1774 e a escola só foi terminada em 1787.
O mais célebre cadete formado pela École Militaire foi Napoléon Bonaparte, admitido em outubro de 1784 com 15 anos de idade. Nascido na Córsega, ele tinha dificuldades com a língua francesa, mas era ótimo em matemática. Em dez meses ele assimilou o manual do matemático Étienne Bésout, que normalmente exigia três anos de estudo. Em setembro de 1785 Napoleão passou pelo exame de conclusão, durante o qual teve que responder às perguntas do célebre matemático Perre-Simon Laplace. Sua fulgurante carreira militar e política o trouxe de volta em 1795, quando foi nomeado comandante em chefe do exército do interior, instalou seu estado maior na escola e transformou a luxuosa “Sala dos Marechais” em escritório pessoal.
Cem anos depois, a escola foi palco do dramático “affaire Dreyfus”, o caso Dreyfus. O oficial francês de origem judaica foi acusado injustamente de traição e foi condenado à prisão perpétua. No dia 5 de janeiro de 1895 durante uma cerimônia humilhante, realizada no pátio Morland da École Militaire, lhe retiraram os galões de capitão. Um movimento cívico iniciado com o célebre artigo “J’Accuse”, Eu Acuso, de Emile Zola acabou obrigando as autoridades a realizar nova investigação que inocentou Dreyfus. No dia 13 de julho de 1906 ele foi reabilitado no pátio Desjardins da escola.
No final do século XIX os edifícios da École Militaire foram reformados e restaurados. Atualmente abrigam a Escola Superior de Guerra.