Este jardim foi implantado sobre terras ocupadas no século XIII por fábricas de telhas, em francês tuiles, daí se origina seu nome. Em 1564 a rainha Catarina de Médici adquiriu uma parcela próxima da muralha medieval erguida por Carlos V - l'enceinte de Charles V, na qual começou a construir o palácio das Tulherias e mandou implantar um jardim ao estilo italiano.
Durante o reinado de Henrique IV (1589–1610), seu jardineiro, Claude Mollet, reformou os jardins, construiu um passeio coberto e plantou um ala com amoreiras, para criar bichos da seda e dar início a uma indústria da seda. Com o trágico assassinato de Henrique IV por François Ravaillac, seu filho que tinha apenas 9 anos tornou-se rei, Luís XIII de França (1601-1643), e os jardins se transformaram em gigantesco playground. Havia um pequeno zoológico, brincava-se de caçar animais, montar a cavalo etc.
O Palácio das Tulherias foi concluído no reinado de Luís XIV pelos arquitetos Louis Le Vau e François d'Orbay. Em 1662, para festejar o nascimento de seu primeiro filho, Luís XIV organizou grandes festejos e, num carrossel, se apresentavam cavalos treinados, daí vem o nome da Place du Carrousel.
Em 1664, Jean-Baptiste Colbert, superintendente de obras do rei encomendou a André Le Nôtre uma grande reforma do jardim, para tranforma-lo em jardim à francesa, como ele já havia feito no palácio de Vaux-le-Vicomte e no Palácio de Versalhes. Com suas grandes perspectivas, o jardim adquiriu o aspecto que perdura no essencial até hoje, mas era cercado e o acesso restrito. Foi o célebre escritor Charles Perrault, criador do gênero literário dos contos de fadas, com Chapeuzinho Vermelho, A Bela Adormecida, Cinderela e outros, na época assistente de Colbert, quem o convenceu, em 1667, a abrir o jardim para o público.
Como parte do Palácio das Tulherias, o imenso jardim foi testemunha de dramáticos eventos históricos. Durante a Revolução Francesa, no dia 6 de outubro de 1789, Luís XVI, Maria Antonieta e os seus filhos instalaram-se no palácio depois de serem trazidos à força desde o Palácio de Versailles pela população revoltada. A rainha Maria Antonieta instalou-se no térreo, de frente para o jardim. Seguiu-se a fuga da Família Real, no dia 21 de Junho de 1791, mas eles foram descobertos na cidade de Varennes e obrigados a retornar às Tulherias. No dia 10 de agosto de 1792 às 7 horas da manhã o palácio foi atacado e tomado pelos revolucionários, episódio conhecido como prise des Tuileries, mas a Família Real conseguiu escapar. No dia 21 de agosto de 1792 a guilhotina foi instalada na Praça do Carrousel.
Em fevereiro de 1800, Napoleão Bonaparte, Primeiro Cônsul, instalou-se no Palácio das Tulherias, ocupando o antigo apartamento do Rei e passou a dormir na cama que foi de Luís XIV, Luís XV e Luís XVI.
Napoleão deixou o palácio em 1815 para comandar a batalha de Waterloo e, derrotado, nunca mais regressou. Com a Restauração monárquica foi substituído por Luís XVIII, único Rei da França a morrer nas Tulherias. Em 1824 seu irmão, Carlos X, substituiu-o até a Revolução de Julho de 1830, quando o palácio foi atacado por insurgentes e acabou sendo pilhado. As Jornadas de Fevereiro de 1848 expulsaram a Família Real do palácio, que foi pilhado pela terceira vez na sua história. O edifício voltou a ser residência oficial quando Luís-Napoleão Bonaparte ali se instalou antes de ser proclamado Imperador, como Napoléon III, em dezembro de 1852.
Durante o Segundo Império, Napoleão III fez construir dois edifícios idênticos. Na extremidade leste do jardim. Em 1852, aquele que é conhecido como Orangerie que hoje se tornou museu de arte impressionista e pós-impressionista, conhecido como Musée de l’Orangerie e, em 1861 aquele que abrigou um jeu de paume -espécie de quadra para jogo de tênis, que atualmente abriga um museu de arte contemporânea, conhecido como Galerie Nationale du Jeu de Paume.
Em maio de 1871, durante a Comuna de Paris, do jardim viam-se as chamas que devoraram o palácio. O incêndio durou três dias e o edifício ficou em ruinas que permaneceram ali até 1883, quando se resolveu desmantelar tudo o que restara. Para o visitante que não souber da existência do palácio desaparecido, fica difícil imaginar qual foi o verdadeiro papel estético do Jardim das Tulherias.